Fondens bestyrelse består af ni personer, som skal have indsigt i forskning på internationalt niveau.
Uddannelses- og forskningsministeren udpeger formanden og yderligere et medlem direkte. De øvrige syv medlemmer udpeges efter indstilling fra Danmarks Frie Forskningsfond (3), Rektorkollegiet (1), Sektorforskningens Direktørkollegium (1), Det Kgl. Videnskabernes Selskab (1) og Akademiet for Tekniske Videnskaber (1).
