Nyt superværktøj til genetisk analyse er ankommet til DG-center
Centerleder Susanne Mandrup har fået et nyt topmoderne værktøj til rådighed i sin genetiske fedmeforskning. Maskinen gør det muligt at analysere hundredevis af genetiske prøver langt hurtigere og billigere end tidligere.
På Syddansk Universitet i Odense ankom en sen julegave for nyligt til Danmarks Grundforskningsfonds Center for Functional Genomics and Tissue Plasticity (ATLAS). Tidligt i januar blev en såkaldt Illumina NovaSeq 6000 installeret på Institut for Biokemi og Molekylærbiologi. Instrumentet er den nyeste og mest avancerede high throughput DNA-sekventeringsplatform fra virksomheden Illumina, som udvikler systemer til genetisk analyse. Det nye instrument er en del af Syddansk Universitets medfinansiering af centeret og er kun nummer to af sin art i Danmark. NovaSeq’en bliver en vigtig arbejdshest for centerleder Susanne Mandrup i ATLAS’s maskinstald, men vil også blive benyttet af andre forskningsgrupper på SDU.
Det overordnede mål for ATLAS er at klarlægge, hvordan fedme ændrer egenskaberne i specifikke celletyper i lever- og fedtvævet. Ved at kombinere high throughput sekventering med forskellige biokemiske og molekylærbiologiske teknologier vil forskerne i ATLAS undersøge ændringerne i genudtryk såvel som ændringer i den såkaldt epigenetiske programmering af forskellige celletyper i lever- og fedtvæv som respons på fedme. Det betyder, at vi kan blive klogere på, hvordan celletyperne ændrer egenskaber og styrer vævenes udvikling ved fedme.
Den nye NovaSeq’s høje kapacitet gør det muligt for forskerne at undersøge cellernes genudtryk grundigt ved at sekventere RNA fra hundredvis af prøver fra mus eller mennesker i hver kørsel både hurtigere og billigere end tidligere. Ydermere giver instrumentets skalerbarhed et forbløffende data output på op til 20 milliarder såkaldte sequencing reads pr. kørsel. Dette er mindst 10 gange mere i forhold til den sekventeringsplatform, som allerede er en integreret del af forskningsgruppens maskinpark. Centrets nye NovaSeq er allerede nu ved at analysere de første data.
ATLAS åbnede i november 2017. Du kan læse meget mere om centeret her.